Por seguridad es aconsejable desactivar el acceso directo como root en ssh, para desactivarlo ingresamos a la consola y escribimos:
pico /etc/ssh/sshd_config buscamos la línea:
PermitRootLogin yes
Y la reemplazamos por:
PermitRootLogin no
Para aplicar los cambios el servidor ssh:
/etc/init.d/sshd restart
Una vez realizados estos cambios no será posible el acceso como root, será necesario ingresar con un usuario que tenga acceso ssh y desde esa cuenta ejecutar el comando su